Jam Pony
Original Cindy refuse qu'un nouveau collègue prenne le casier de Max, prétextant qu'il n'est pas libre. A ce moment là, le Veilleur diffuse son cyber flash. Il informe les citoyens que leurs impôts ont été détournés depuis des décennies par des hauts placés du gouvernement et ce dans le but de financer des recherches expérimentales secrètes en génie génétique : le projet Manticore. Il dénonce les traitements subis par les enfants de Manticore pour en faire des soldats parfaits et raconte l'histoire des 12 évadés de 2009. Le Veilleur prévient ses dirigeants qu'il est sur le point de localiser la base secrète et que les responsables devront payer.
Dans son appartement, Logan passe son temps à regarder une photo de Max et ne se remet pas de sa disparition.
Manticore
Cela fait maintenant quelques temps que Max a été reprise par Manticore. Elle a du subir les entrainements et autres ré-endoctrinement prévu pour elle par Manticore. Elle est convoquée par la directrice Renfro qui lui demande quel est son nom. Max se souvient alors des tortures que celle-ci lui a fait afin de lui faire oublier son nom. Elle répond : "X5-452". Renfro n'est pas dupe et le lui fait comprendre. Elle la conduit à Zach, vivant, mais dans un piteux état. Max apprend que son foie et ses reins ont été donné à un X5 blessé et que c'est elle même qui a reçu son cœur. Renfro lui annonce également le futur transfert imminent de Zach, pour lequel ils ont de grands projets. La directrice accuse Max d'être responsable de tout ça, d'être un poison pour les gens qui l'entoure : Zach, Ben, Tinga, le Veilleur.
De retour dans sa cellule, Max continue ses préparatifs pour s'échapper en limant le béton des briques sous son lit avec une tige métallique, tout en répétant son nom : « Max ».
Seattle
Au bureau de distribution des cartes de rationnement, Logan et le S1W organisent une opération pour dénoncer la corruption des agents chargés de cette distribution. De retour dans son appartement, Logan, accompagné d'Asha (membre du S1W) regrette de ne pas avoir pu infiltrer le réseau informatique du centre de distribution pour trouver des renseignements sur la base de Manticore qu'il présume se trouver dans le Wyoming, sous la couverture d'un hôpital pour les vétérans. Asha cherche à comprendre son obsession pour le projet Manticore et lui demande s'il connaissait l'un des évadés dont le veilleur a parlé. Il lui parle de Max et lui dit ressentir qu'elle est encore en vie.
Manticore
Tests de résistance, combats rapprochés, manœuvres, maniement des armes... L'entrainement de 452 se poursuit à Manticore et lui rappelle de mauvais souvenirs. Alors qu'elle s'attèle comme chaque nuit à préparer sa nouvelle évasion, Max entend du bruit provenant du couloir et se dépêche de tout remettre en ordre et de se recoucher. Un homme entre dans sa cellule. Max, sous le choc, croit que c'est son frère Ben. Le jeune homme lui répond rapidement qu'il n'en est que le jumeau, dont le matricule est 494 alors que Ben était 493. S'ensuit alors une conversation où Max défend son défunt frère que le nouveau venu accuse d'être devenu fou car il a vécu trop longtemps dehors comme un clochard. Puis le X5 retire son T-shirt et incite la jeune femme à en faire autant. Max, totalement incrédule, lui demande ce qu'il fait. Il lui répond alors que la directrice Renfro les a mis ensemble pour qu'ils copulent tous les soirs jusqu'à ce que la transgénique tombe enceinte, puisque Max a détruit le laboratoire qui leur permettait de créer les embryons des futurs transgéniques, à implanter dans des mères porteuses. La X5 lui répond en lui envoyant un coup de pied dans l'estomac, le propulsant contre la porte de sa cellule et lui indiquant que se serait le seul contact physique qu'elle aurait avec lui.
Quelque part
Le colonel Lydecker reçoit un appel dans une cabine publique. C'est Mc Ginnis, un agent de Manticore qui lui propose un marché. Il peut reprend sa place au sein du projet Manticore à la seule condition qu'il leur livre le Veilleur, proposition que Lydecker semble accepter.
Manticore
Lors du débriefing quotidien des soldats de Manticore avec la directrice, 494 ment à cette dernière en affirmant que la copulation avec 452 a été un succès, par deux fois précise t'il. Renfro semble surprise mais satisfaite. Elle en profite pour se renseigner sur les éventuels traitements médicaux que Max aurait pu recevoir à l'extérieur, car l'un de ses clones, une jeune X7 (celle qui lui a tiré dessus lors de la destruction du labo de Manticore) est atteinte d'une progéria en phase terminale. Max l'informe qu'elle n'a reçu aucun traitement. Renfro décide donc de leur faire des tests ADN comparatifs à toutes les deux pour comprendre pourquoi Max y a échappé.
Quelques jours plus tard, alors que Max réussit enfin à retirer deux briques du mur et à descendre dans les sous-sols, elle rencontre Joshua, un homme chien avec qui elle sympathise et qui projette de l'aider à s'évader. Il lui explique que les bois qui encerclent Manticore sont surveillés par des X7 particulièrement dangereux. Joshua en profite aussi pour lui faire visiter les sous-sols de Manticore et Max y découvre l'existence des « Nomalies », des sujets que Manticore considère comme des échecs et qui présentent des anomalies physiques ou comportementales.
Seattle
Pendant ce temps, Lydecker a contacté Logan Cale, le Veilleur, et lui a donné rendez-vous dans un entrepôt désaffecté sous le prétexte d'avoir des informations à lui transmettre. Mais une fois sur place, Lydecker n'est pas seul... Jim McGinnis et ses hommes sont avec lui. Alors que Logan - blessé à l'épaule - se croit perdu, Lydecker se retourne contre McGinnis et s'empare de son arme. Il veut savoir ce que Renfro est en train de faire avec les X5 et pourquoi elle a tuée l'un de ses enfants, la X5 Tinga. McGinnis lui explique que le caisson dans lequel Tinga était conservée servait de chambre d'extraction, Renfro cherchait quelque chose dans son ADN mais n'a rien trouvé. Dans l'incapacité de lui en apprendre plus et ayant vu le visage du Veilleur, le colonel abat son ancien collègue.
Quelques heures plus tard, les cadavres de McGinnis et de ses hommes sont retrouvés par les agents de Renfro, ainsi que des traces de sang dont la directrice ordonne l'analyse ADN.
Manticore
Max est redescendue dans les sous-sols et scie les barreaux de la fenêtre qui la sépare encore de la liberté. Plus qu'une nuit ou deux selon elle, et elle pourra s'échapper. Joshua veut partir avec elle, mais Max lui explique qu'à cause de son physique « atypique », il ne sera jamais accepté dehors, car les gens ont peur de ce qui est différent. Il ne ferait que troquer un sous-sol contre un autre. Elle remonte dans sa cellule, où l'attend le X5 qu'elle avait complètement oublié. Apeurée, elle lui demande s'il a donné l'alarme, celui-ci lui dit que non, puis ajoute qu'il se moque de ce qu'elle faisait, mais qu'il ne veut pas avoir d'ennuis. Au moment de partir, la X5 lui fait remarquer qu'elle ne s'appelle pas 452 mais Max et qu'il faudrait aussi lui trouver un nom car 494 ne lui convient pas du tout. Max lui propose alors Alec, ce qu'il accepte volontiers. Celle-ci en est ravie, car le second nom qu'elle avait à lui proposer était « Ducon » !
Plus tard, Max est convoquée par la directrice Renfro qui souhaite obtenir son aide pour stopper le Veilleur, qui leur cause beaucoup d'ennuis depuis qu'il croit 452 morte. Elle ne peut pas le laisser divulguer les coordonnées de la base secrète (qui officiellement est un hôpital pour vétérans). Le comité chargé du projet Manticore ne permettra jamais que celui-ci soit rendu public. Renfro explique à Max que si cela devait arriver, sa seule solution serait de verrouiller toutes les cellules et de réduire la base en cendres, avec tous ses occupants à l'intérieur. Max ne la croyant pas, Renfro lui fait bien comprendre que pour elle, les transgéniques ne sont que des morceaux de viande, que tout ce qui compte, se sont toutes les données qu'elle a accumulée concernant le programme sur sa clef cryptée. Avec ça, elle pourra recommencer le projet n'importe où.
La directrice lui explique aussi que si elle est obligée de traquer le Veilleur seule, il sera tué, mais que si Max l'aide, un arrangement sera alors possible. Puis un homme vient informer Renfro des résultats des tests ADN pratiqué sur le sang découvert dans l'entrepôt. Celle-ci fait alors emmener Max en salle d'interrogatoire où elle reçoit une injection. Puis la torture commence...
De retour dans sa cellule, Max apprend par Alec qu'ils ont retrouvé la trace du veilleur et qu'un X5 est parti l'éliminer. Elle lui demande alors son aide pour s'échapper, ce que le jeune homme accepte, non sans quelques réticences. Egalement aidée de Joshua, Max parvient à échapper aux X7 chargés de la sécurité du périmètre de Manticore et saute le mur d'enciente.
Appartement de Logan
La jeune femme arrive à l'appartement de son compagnon et le somme de quitter la ville, tout en l'embrassant. Alors que Max est effrayée par l'état de Logan qui vient de s'effondrer au sol après être entré en contact avec elle, Alec surgit dans l'appartement. Il sort son arme et informe Max qu'elle a été piégée par Renfro et que si elle veut que son ami vive, il faut qu'ils l'accompagnent tous les deux à Manticore pour qu'il reçoive l'antidote. En effet, la X5 est porteuse d'un rétrovirus génétiquement ciblé, s'attaquant spécifiquement à l'ADN du veilleur, à savoir Logan. Au moindre contact de la jeune femme et de l'humain, celui-ci est infecté.
Manticore
Pendant ce temps à Manticore, Renfro est mise au courant des résultats des tests qu'elle avait ordonné sur l'ADN de 452 pour comprendre pourquoi la progéria ne se déclenchait pas, mais le médecin chargé de l'analyse a découvert bien plus... Après s'être assuré que personne d'autre n'est au courant, Renfro l'abat puis passe un coup de téléphone où elle explique (en français) à son mystérieux interlocuteur qu'elle a trouvé ce qu'ils cherchaient et qu'elle la lui amène.
Appartement de Logan
Max feint de coopérer mais au moment où Alec s'y attend le moins, elle l'attaque, lui faisant perdre son arme. S'ensuit alors une bagarre entre les deux transgéniques. Au bout du compte, Max parvient à pousser du pied le revolver vers le veilleur qui le saisit et met Alec en joue. Le X5 lève les mains pour montrer qu'il se rend et Max en profite pour diffuser le flash du veilleur indiquant où se trouve Manticore, ce qui déclenche chez les dirigeants du complexe la mise à exécution du plan d'autodestruction de la base, c'est-à-dire qu'ils verrouillent toutes les cellules et mettent feu à l'établissement.
Manticore
Max se rend à Manticore pour récupérer l'antidote du virus. Sur place, elle fait tout ce qu'elle peut pour libérer les transgéniques enfermés dans le complexe en flammes afin de les sauver. Tous réussissent à s'enfuir et Max récupère l'antidote qui permet de sauver Logan. Mais avant qu'elle ne s'échappe à son tour, Renfro, mortellement blessée en essayant de protéger Max, lui apprend qu'elle est un être à part, que son ADN est spécial et qu'elle doit retrouver Sandeman, le créateur de Manticore.
Appartement de Logan
Pendant ce temps, Logan, devenu trop faible, laisse tomber son arme et perd connaissance. Alec en profite pour défaire ses liens très facilement et s'apprête à éliminer le cyber journaliste quand une jeune femme surgit derrière lui et lui ordonne de lâcher son arme - c'est Asha. Alec s'exécute, puis grâce à sa vitesse, il la désarme et s'en va simplement en lui disant qu'il voulait juste abréger ses souffrances.
Il retourne à Manticore qu'il découvre en feu avec ses occupants en fuite. Il décide alors de faire de même.
Logan est sauvé, pour cette fois, et Manticore est détruit. Mais de nombreux transgéniques, parfois physiquement très "spéciaux", se retrouvent livrés à eux même dans les rues de Seattle.
Max, au sommet de la tour Space Needle
« C'est drôle. D'ici on dirait que rien n'a changé. Sauf que tout à changé, pas seulement Logan et moi. Tout. A Manticore je ne pensai qu'à retrouver ma drôle de vie, je n'avais jamais pensé qu'elle puisse devenir encore plus étrange. Mais je suppose que c'est le cas, et que je vais devoir faire avec... »